A UniPECO conta com a presença de duas salas de procedimentos. Estas salas são destinadas ao trabalho com animais, em diferentes procedimentos, como: realização de cirurgias diversas, coleta de material biológico (embriões, sêmen, urina, fezes e sangue), realização de necrópsias, realização de aulas práticas para a graduação e pós-graduação. Para tal, estas são possuem os seguintes equipamentos: carrinho de anestesia inalatória, multiparâmetros, foco cirúrgico, sistema de vácuo, sistema de oxigênio central, sistema de videolaparoscopia completo e mesas de procedimentos.